Les animaux sont présentés dans un ensemble de 40 bacs. La plupart ont été prélevés par les navires et les plongeurs de la station.
Une très belle collection d'oiseaux, riche de plus 250 espèces, est présentée dans l'entrée de l'aquarium.
Offerte par la famille Sauvy-Rendu, elle a été réunie à la fin du siècle dernier à partir d'individus récoltés dans le département. Plusieurs des formes exposées ont totalement disparu de la région ou sont en voie de disparition.
L'aquarium est la vitrine publique du laboratoire d'Arago qui est l'un des plus grands centres de biologie marine. Cet observatoire océanographique a double vocation de recherche et d'enseignement.
Il organise de nombreux stages de biologie marine et de zoologie et accueille les scientifiques désireux de travailler sur la faune ou la flore locale.
Il est régulièrement le siège de colloques internationnaux.
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