Face à une église arc-boutée sur ses pouvoirs et ses privilèges, se développe alors au XIIe siècle un mouvement religieux qui bénéficie à la fois du soutien des populations et des seigneurs locaux : le Catharisme.
Plus que partout ailleurs dans le Midi, cet épisode tragique a marqué à jamais l'histoire ariégeoise, puisque la croisade contre les hérétiques, déclenchée par Rome en 1208 puis relayée par l'Inquisition à partir de 1233, culmine en 1243 et 1244 avec le siège de Montségur
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C'est la qu'après onze mois de résistance, les 220 cathares retranchés à l'intérieur de leur pieuse citadelle sont finalement livrés aux flammes.
Le sort de ceux qui se réfugient ensuite dans les hautes terres sous la protection des familles nobles de Rabat, Lordat ou Château-Verdun n'est guère enviable. Ni même celui de Pierre Autier, ce notable d'Ax converti sur le tard qui figurera sur la liste des derniers "parfaits" à être exécutés.
Théâtre de batailles et de sièges, l'Ariège continue ainsi d'être celui des rafles, des interrogatoires et des bûchers de l'Inquisition.
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