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Du haut des sommets, à partir de 400 m d'altitude, la forêt humide abrite les fougères arborescentes et les palissandres.
Sur le versant oriental s'étagent en dessou de 400 m, cocotiers, palmiers, bananier, manguiers, citronniers, papyers, ananas, arbres à pain, poivriers, gironfliers. L'Ylang-Ylang qui fait la renommée de Mayotte, couvre des centaines d'hectares. Il est reconnaissable à son tronc tortueux et à son parfum envoûtant.
Sur le versant ouest, on trouve les baobabs géants, autre caractéristique de l'île. Le long du littoral, un fouillis de cocotiers, de sisals d'aloès et de palmiers ourlent les plages de sable fin, baignées par des eaux calmes et limpides.
Par endroit, la mangrove couvre le fond des baies et des anses. Eclatantes de couleurs ou de blancheur, les fleurs tranchent sur le fond vert de la végétation. Les plus belles espèces sont : la bouhina, la liane corail, l'alizzia, le bougainvillier, l'hibiscus, la lantana, le cassie et le tulipier du Gabon.
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